琼花古筝的科研部门经过大量的工作已经取得了丰硕的科研成果，但还停留在企业研究的高度，要追求无止境的科研，必须有强大的学院化理论科研基础。2006年，琼花古筝以股东身份取得与百联古筝制作研究院的深度合作。百联古筝制作研究院是国内古筝行业以古筝制作研究为主的科研机构。琼花古筝携手百联古筝制作研究院推动行业创新，发挥在行业标准及产业内的影响力，本着“科研、责任、共享”的价值观，着眼于深入研究古筝声学、产品开发、技术服务等领域，集百家之长，取百家精华，大力推动传统古筝制作工艺向标准化、精细化、科研化的领域发展，目前共有各类科研项目100余项，其中超过60%已经实际用于琼花古筝的生产之中。